A lo largo de la historia de la humanidad el hombre ha interactuado con los microrganismos que lo rodean y habitan en su organismo. El término microbioma, hace referencia al conjunto de microorganismos que residen en el cuerpo humano, en relación con su habitad, sus genes y metabolitos, así como las condiciones ambientales que lo rodean en cada una de sus localizaciones. El microbioma intestinal por su extensión y diversidad es el motor de la homeostasis en paciente crítico. Sus funciones se enmarcan en los ámbitos inmunológico, metabólico, estructural y neurológico. Se realizó una revisión de la literatura en el período comprendido de marzo hasta junio del 2022 en  las siguientes bases de datos: Scielo, Google académico, MEDLINE, PubMed, Cochrane, Clinical Evidence y Scopus. Con el objetivo actualizar los principales conceptos relacionados con el tema, establecer protocolos de actuación que minimicen las complicaciones de los pacientes críticos e implementar líneas investigativas. La enfermedad crítica fractura el microbioma intestinal contribuyendo a la aparición de sepsis, disfunción múltiple de órganos, aumenta la resistencia antimicrobiana,  y se asocia con un aumento de la mortalidad en las unidades de cuidados intensivos. Las terapias con elementos prebióticos, probiòticos, simbióticos y trasplante de microbiota fecal, muestran resultados alentadores en la modulación de la disbiosis intestinal ante las agresiones intrínsecas y extrínsecas del paciente en estado crítico.