La COVID-19 es una enfermedad infecciosa causada por el nuevo coronavirus SARS-CoV-2. La vigilancia genómica global y el rápido intercambio de código abierto de secuencias del genoma viral han facilitado la detección, la comparación y el seguimiento casi en tiempo real de las variantes evolutivas del SARS-CoV-2. El presente estudio tiene como objetivo identificar las variantes de SARS-CoV-2 presentes en las muestras recibidas en el Laboratorio Nacional de Referencia de virus Influenza y otros virus respiratorios desde noviembre de 2021 hasta mayo de 2022. Se procesaron 552 hisopados nasofaríngeos para la secuenciación de un fragmento de 1836 pb del gen S. Durante el período abarcado, se detectó Omicron en 502 individuos en contraste con la variante delta, que se encontró solo en 50 sujetos. La mayoría de las personas infectadas con Omicron eran sintomáticas y estaban completamente vacunadas, pero los casos graves y las muertes ocurrieron principalmente en pacientes mayores de 65 años. Omicron se propagó rápidamente por todo el país, desplazando a la variante delta, que había sido la variante predominante hasta entonces. Las altas coberturas de vacunación logradas en Cuba podrían explicar la rápida disminución del pico Omicron y el comportamiento relativamente más leve de la enfermedad en individuos infectados con esta variante.