Objetivo: Determinar la circulación de VPH y CT,  en dos grupos de la población la población infanto-juvenil femenina cubana, asintomáticas y con lesiones cervicouterinas y CaCU. Métodos: Se determinó la frecuencia de infección por ambos agentes en muestras de exudado cérvicovaginal y orina de 154 jóvenes asintomáticas y en 116 con patologías de cuello, mediante PCR en tiempo real. Resultados: Se obtuvo una frecuencia total de infección para ambos agentes de 64,25%. La infección por CT y por VPH fue superior en el caso de las adolescentes y jóvenes con lesiones cervicouterinas; 7,41% versus 5,19% para CT y 75% versus 40,9% para VPH. El genotipo más frecuente fue el VPH 16. Se obtuvo una elevada frecuencia de infecciones múltiples, sobre todo en pacientes con patologías de cuello. La frecuencia de coinfecciones con CT y VPH fue similar en ambos grupos, sin embargo, se obtuvieron diferencias significativas en la carga microbiana de CT entre las jóvenes asintomáticas y las que presentaron lesiones cervicouterinas (p=0,0303). Conclusión: Las coinfecciones VPH/CT pudieran ejercer un efecto sinérgico en la aparición de lesiones cervicales en población infanto-juvenil.